A Semmelweis Orvostudományi Egyetem rektora, dr. Tulassay Tivadar 2008. szeptember 30-én ünnepélyesen átadta 14 iskola igazgatójának a megtisztelő partneriskolai címet jelentő oklevelet.
Idézet az oklevél szövegéből:
Az egyetem az oklevéllel tanúsítja, hogy az ELTE Apáczai Csere János Gyakorlógimnázium hosszú időn keresztül a Semmelweis Egyetem legkiválóbb hallgatóit adó középiskolák egyike. Kiváló teljesítményének elismeréseként és magas szintű munkája segítésének szándékaként partneriskolájává fogadja.
Az ünnepélyes átadást követően iskolánk rendszeres együttműködés keretében fog támogatást kapni az egyetemtől a leendő orvostanhallgatók tehetséggondozásához. A program részleteiről folyamatosan tájékoztatást adunk.
A budapesti ELTE Apáczai Csere János Gyakorló Gimnázium és Kollégium valamint a kolozsvári Apáczai Csere János Elméleti Líceum vezetősége 2006-ban megerősítette az 1992-ben kötött együttműködési megállapodást, kiegészítve azzal, hogy messzemenően támogatni kívánja a két iskola Diákönkormányzata között kialakított kapcsolat további ápolását és a külkapcsolatok elmélyítését, élve többek között a Socrates programban rejlő lehetőségeket. Az egyezményt 2006. április 21-én kézjegyével látta el a két intézmény igazgatója: Dr. Wolf Rudolf és Munkácsy László.
A két iskola diákjai minden tanév során meglátogatják a baráti intézmény Apáczai Napok elnevezésű rendezvényeit. Az utóbbi években még nagyobb hangsúlyt helyeztek a tanulmányi-szakmai eredmények bemutatására, pl. a diákakadémiai előadásokra.
A 2019/2020-as tanévben az ELTE Apáczai Csere János Gyakorló Gimnázium és Kollégium a Budapesti Fesztiválzenekar partneriskolája lett. A partneriskolai program szerződése szerint a program lehetővé teszi a gyermekek és fiatalok számára a zenével és művészekkel való személyes találkozást, mindezt a legmagasabb színvonalon, Magyarország nemzetközileg elismert szimfonikus zenekarának szervezésében. Emellett a program segít abban, hogy a jövő hangverseny-látogatói megismerjék a klasszikus zenét, egy szimfonikus zenekar működését, és a hangszereket, amelyeken a zenekar művészei játszanak. A partneriskolai program érdekes és hasznos kiegészítése az iskolai ének-zene oktatásnak.